Schon während des Zweiten Weltkrieges hatten sich die „Großen Drei“ (Truman, Churchill, Stalin) in Teheran und Jalta auf die Grundzüge der Behandlung Deutschlands nach Kriegsende geeinigt: Aufteilung in Besatzungszonen (auch Frankreich wurde eine eigene Zone zugestanden), Entwaffnung, Umerziehung der Deutschen zur Demokratie und Zahlung von Kriegsreparationen. Die oberste Regierungsgewalt in Deutschland sollte von den Zonenbefehlshabern gemeinsam im Alliierten Kontrollrat in Berlin ausgübt werden. Auf der Potsdamer Konferenz (17. Juli – 2. August 1945) wurden diese grundlegenden Beschlüsse konkretisiert, wobei man sich nicht über die Höhe der Reparationen einigen konnte. Auch Stalins Forderung nach einer gemeinsamen Kontrolle des Ruhrgebiets wurde abgelehnt. Es blieben als Ergebnis nur die vier „D“: Demilitarisierung, Demontage, Dezentralisierung und Demokratisierung (einschließlich Denazifizierung). Obwohl Deutschland als „wirtschaftliche Einheit“ behandelt werden sollte, wurde „bis auf weiteres“ keine zentrale deutsche Regierung geplant (lediglich zentrale Verwaltungsabteilungen unter der Aufsicht des Kontrollrats). In den Vordergrund traten die vier Besatzungszonen:
| US-Zone | Bayern, Hessen, Württemberg-Baden, Enklave Bremen |
| britische Zone | Hamburg, Schleswig-Holstein, Niedersachsen, Nordrhein-Westfalen |
| französische Zone | Rheinland-Pfalz, Württemberg-Hohenzollern |
| sowjetische Zone | Mecklenburg-Vorpommern, Thüringen, Sachsen, Sachsen-Anhalt, Brandenburg |
Die Besatzungszonen stellten zunächst reine Verwaltungseinheiten dar, die sich aber aufgrund unterschiedlicher politischer Vorstellungen der Alliierten rasch voneinander abgrenzten. Die deutschen Administrationen wurden auf allen Ebenen von Militärregierungen kontrolliert. In der sowjetischen Zone wurde bereits am 27. Juni 1945 eine zonale Institution als „Keimzelle gesamtdeutscher Verwaltung“ eingerichtet, Großbritannien folgte dem sowjetischen Vorbild durch die Einrichtung von fünf Zonenzentralämtern. Die USA favorisierten dagegen einen einen föderalen Länderrat, der sich aus Vertretern der einzelnen Länder zusammensetzte. Die Franzosen opponierten besonders engagiert gegen die in Potsdam geplanten zentralen Stellen: Sie forderten aus Sicherheitsgründen ein extrem föderales System ohne Zentralgewalt für ganz Deutschland und schotteten deshalb ihre Zone nach außen ähnlich wie die Sowjets ab. Innerhalb der französischen Zone gab es auf deutscher Seite keine länderübergreifenden Gremien. Darüber hinaus wurde das Saargebiet wegen seines industriellen Potentials im Dezember 1946 aus der französischen Besatzungszone ausgegliedert und unter französisches Protektorat gestellt (ab 1947 „Saarland“). Die geplante Demokratisierung wurde in allen Zonen rasch vorangetrieben: Bereits am 10. Juni 1945 wurde in der sowjetischen Zone die Bildung „antifaschistischer“ Parteien zugelassen, später auch in anderen Zonen. Die Gründungen blieben aber an eine Lizenz der Militärregierungen gebunden. Während in der US-Zone die politische Entwicklung zunächst nur auf lokaler Ebene gefördert wurde, vergaben die Sowjets sofort zonale Lizenzen. Die Folge war, daß das Parteienspektrum im Westen erheblich größer war, während sich im Osten nur große Gruppierungen zusammenfanden. Überall konnten sich Unionsparteien (CDU/CSU), SPD, KPD und liberale Parteien etablieren. Die Machtzentren lagen wegen der früheren zonalen Lizenzen in der britischen Zone, d.h. bei der rheinischen CDU und beim Büro des späteren Vorsitzenden Kurt Schumacher in Hannover. Ostzonale Verbände errangen wegen der Vorbehalte gegen die sowjetischen Maßnahmen (u.a. die Zwangsvereinigung von SPD und KPD zur SED im April 1946) kaum Einfluß. Die ersten Wahlen zu Länderparlamenten fanden in der US-Zone am 30. Juni 1946 statt, die sowjetische Zone folgte im Oktober 1946, in der britischen und französischen Zone wurde im April bzw. Mai 1947 gewählt.
Die im Potsdamer Abkommen angestrebte Wirtschaftseinheit Deutschlands blieb wegen der Vorbehalte der Sowjets und der Franzosen bis zum Sommer 1946 unvollendet, die Pariser Außenministerkonferenz der Alliierten von April bis Juli 1946 brachte ebenfalls keine Fortschritte. Die britische Seite fühlte sich von der sowjetischen Politik in Deutschland und Osteuropa provoziert und erwog sogar, die alliierte Zusammenarbeit aufzukündigen. Um eine weitere Eskalation und ein sowjetisches Ausgreifen über die Elbe zu verhindern, lud US-Außenminister Byrnes die übrigen Besatzungsmächte ein, ihre Zonen mit der amerikanischen zusammenzulegen und so die weiterhin schwierige wirtschaftliche Lage zu verbessern. Am 6. September 1946 formulierte er in einer Rede in Stuttgart die neuen Leitlinien der amerkanischen Deutschlandpolitik: Er verband die Kritik an der immer noch nicht erreichten Wirtschaftseinheit, mit dem Vorschlag, zu deren Realisierung zentrale Verwaltungsstellen zu schaffen und die politische Neugestaltung eines föderalistisch organisierten Deutschlands durch einen Nationalrat vorbereiten zu lassen.
Nur die Briten nahmen das Angebot einer gemeinsamen Zonenverwaltung an. Bereits im August 1946 begannen konkrete Verhandlungen über die Bildung eines Vereinigten Wirtschaftsgebietes („Bizone“), die am 1. Januar 1947 offiziell gebildet wurde. Sie war als Zwischenlösung mit der ausdrücklichen Option der Ausweitung auf die anderen zwei Zonen gedacht. Innerhalb ihres lockeren Verbundes existierten fünf verschiedene Verwaltungsräte (als Föderativorgan) und Verwaltungsräte (als Exekutive) zur Koordination der Länder, aber es fehlte eine vermittelnde übergeordnete Stelle; die Aufsicht über das gesamte Gebiet lag allein bei einem britisch-amerikanisch besetzten Militärgremium. Hinzu kamen die strukturellen Unterschiede der Institutionen in der britischen und der amerikanischen Zone (zentralistisch vs. föderal) und die Konkurrenz zwischen den bizonalen Wirtschaftsbehörden sowohl untereinander als auch mit den Ländern. Besonders den Ländern war die Bizone trotz des amerikanischen Einflusses noch zu zentralistisch, Kompetenzen wurden nur unter Druck an die zonalen Behörden abgetreten. Unter diesen Voraussetzungen blieb der Erfolg aus, die Lage verschlechterte sich sogar infolge des heißen und trockenen Sommers 1946 und des harten Winters 1946/47. Innerhalb eines Jahres (Juli 1946 bis Juni 1947) importierten Briten und Amerikaner 1,56 Milliarden Tonnen Lebensmittel in ihre Zonen, trotzdem mußte die Bevölkerung in manchen Gebieten mit 800 Kalorien täglich auskommen. Nach einer weiteren ergebnislosen Außenministerkonferenz in Moskau (März/April 1947) wurde die Bizone deshalb im Juni 1947 reorganisiert: Ein zentraler Wirtschaftsrat – bestehend aus einer Exekutive mit Vertretern der acht Länderregierungen, fünf Verwaltungen unter „Direktoren“ und einem Länderrat – sollte die Aufgaben eines „Parlaments“ auf deutscher Seite übernehmen. Dieser ersten Maßnahme folgte im Februar/März 1948 (nach der gescheiterten Londoner Außenministerkonferenz im Dezember 1947) eine Erweiterung des Länderrates (von 52 auf 104 Sitze) sowie die Gründung eines Verwaltungsrates als Kopf der Exekutive. Die Institutionen der Bizone nahmen zusehends staatliche Formen an. Mit der Einbeziehung der französischen Zone wurden kurz darauf die Grundlagen für die Gründung eines Weststaates gelegt (s.u.).
In der sowjetischen Zone hatten die Militärs bereits früher mit der Bildung zonaler deutscher Zentralverwaltungen für Wirtschaft, Justiz, Bildung und Inneres begonnen, sich aber dann zurückgehalten, um nach den Entwicklungen in der Bizone nachzuziehen und die Verantwortung für die deutlicher werdende Teilung den Westmächten zuzuschieben. Vor allem die Kompetenzen der Deutschen Wirtschaftskommission (DKW), die als eine Art Superministerium für die gesamte sowjetische Zone fungierte, wurden stark auf Kosten der Länderverwaltungen ausgeweitet, eine Entwicklung, die zur faktischen, wenn auch nicht formalen Auflösung der Länder bis 1990 führte. Die wichtigste wirtschaftliche Maßnahme war die Bodenreform bis zum November 1945, bei der nach dem Motto „Junkerland in Bauernhand“ alle Grundbesitzer ab einer bestimmten Hofgröße entschädigungslos enteignet wurden. Zur „politischen Säuberung der Wirtschaft“ gehörte auch die Beschlagnahmung großer Industriebetriebe als Reparationsleistung oder ihre Überführung in volkseigene Betriebe (VEB). Vorgabe der Sowjets für die deutsche Verwaltung war der „demokratische Sozialismus“ als Entwicklungsprinzip, was in der Praxis eine Entscheidungsbefugnis der zentralen Stellen ohne demokratische Kontrolle bedeutete.