Nach dem Amtsantritt des französischen Präsidenten Charles de Gaulle im Juni 1958 war Adenauer zunächst skeptisch, ein persönliches Treffen in de Gaulles Landhaus räumte diese Vorbehalte allerdings aus. Das harmonische Verhältnis der beiden Staatsmänner, beruhte allerdings auf einem Missverständnis: Adenauer übersah, daß de Gaulle von einer französischen Großmachtrolle und einem „Europa der Vaterländer“ unabhängig von Amerika träumte. De Gaulle wünschte eine NATO-Struktur mit vier Pfeilern (USA, Großbritannien, Frankreich und Deutschland) und eigenständigen nationalen Armeen, gleichzeitig aber auch amerikanische Präsenz in Europa. Der Drang Frankreichs nach Gleichberechtigung mit den USA innerhalb der NATO führte trotz der von Adenauer vertretenen engen US-Bindung nicht zum Konflikt, weil Frankreichs Aufmerksamkeit von 1954 bis 1962 durch die Algerienkrise absorbiert war und Adenauer außerdem die Unterstützung Frankreichs wegen der amerikanischen Zurückhaltung in der Berlin-Krise suchte. Allerdings zog sich Frankreich nach dem Scheitern seiner Oppositionsrolle innerhalb der NATO aus dem Bündnis zurück.
Parallel dazu verhinderte de Gaulle im April 1962 die Umsetzung eines Beschlusses der EWG vom Februar 1961 zur weiteren Integration und zur Aufnahme Großbritanniens. Statt einer weiteren Aufgabe von Souveränität suchte Frankreich eine engere politische Zusammenarbeit zwischen den Regierungen der EWG-Mitgliedsstaaten („Europa der Staaten“), um deren Bindung an die USA zu lockern und eine französische Führungsrolle in Europa zu etablieren. Adenauer akzeptierte diese Zielrichtung, weil er ein amerikanisch-sowjetisches Arrangement auf Kosten der BRD in der Berlin-Krise fürchtete und einen „festen Damm gegen den Kommunismus“ in Westeuropa errichten wollte. In der Bundesrepublik kam es zu einer politischen Spaltung in „Gaullisten“ (Strauß, Adenauer) und „Atlantiker“ (Außenminister Schröder. Ludwig Erhard) (s.u.). Die Staatsbesuche Adenauers in Frankreich (Juli 1962) und de Gaulles in der Bundesrepublik (September) lösten bei der Bevölkerung ein ungewöhnlich positives Echo aus und weckten in London und Washington den Verdacht einer deutsch-französischen Sonderrolle.
Am 14. Januar 1963 verhinderte Frankreich die mittlerweile ausgehandelte Aufnahme Großbritanniens in die EWG mit seinem Veto. Damit stellte sich de Gaulle offen gegen Präsident Kennedy, der die EWG-Mitgliedschaft Großbritanniens massiv unterstützte, und brachte außerdem den europäischen Einigungsprozess zum Stillstand. Adenauer hielt weiter zu seinem Verbündeten de Gaulle, der von einer eigenen nuklearen Streitmacht träumte, und unterzeichnete am 22. Januar 1963 den „Vertrag über die deutsch-französische Zusammenarbeit, der eine Verpflichtung zu gegenseitigen Konsultationen, kulturelle Kontakte sowie eine Zusammenarbeit bei Rüstung und Verteidigung vorsah. Der Vertrag führte zu einem Sturm der Entrüstung im übrigen Europa, in den USA und in Bonn. Der Bundestag ratifizierte den Vertrag am 16. Mai 1963 unter dem Druck der USA nur mit einer einschränkenden Präambel, die die Bindung der Bundesrepublik an die NATO und an die um den möglichen Beitritt Großbritanniens erweiterte EWG bekräftigte. Obwohl dem Abkommen dadurch die von de Gaulle intendierte anti-atlantische Stoßrichtung genommen wurde – was die Vereinbarung aus französischer Sicht sinnlos machte – störte sie das Verhältnis zu Großbritannien massiv; es besserte sich erst wieder unter dem Außenminister Brandt. Allerdings verdeutlichte der Vertrag die inzwischen erreichte Gleichrangigkeit der Bundesrepublik im Bündnis mit den westlichen Nachbarn. Die politische Bedeutung der Bundesrepublik wurde durch einen Besuch Kennedys (23. – 26. Juni 1963) unterstrichen, der der Popularität de Gaulles entgegen wirken und die Bundesregierung wieder auf amerikanischen Kurs bringen wollte. Angesichts dieser schmeichelhaften Werbungen sah man in Bonn weiterhin darüber hinweg, dass auch der französische Staatspräsident bei aller Festigkeit in der Abwehr sowjetischer Berlin-Forderungen weder die Wiedervereinigung Deutschlands aktiv unterstützte noch die Oder-Neiße-Grenze in Frage gestellt wissen wollte. Nach dem Rücktritt Konrad Adenauers als Bundeskanzler am 14. Oktober 1963 folgte ihm Ludwig Erhard im Amt. Erhard war eindeutig atlantisch orientiert und lehnte eine Sonderbindung an Frankreich ab.